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Additional R Tools
Software | Description | ||||||||||||||||||||||||||||||
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abind | cargo | cowplot | curl | foreach | gganimate | GGally | ggpubr | ggrepel | gifski | gridSVG | igraph | jpeg | leaps | lme4 | lubridate | mirbase.db | mixdist | multcomp | mvtnorm | network | pheatmap | plotly | plotROC | plotrix | quantmod | RMySQL | sna | sqldf | tidyr | VGAM | vioplot GNU R package “Combine multi-dimensional arrays” |
ade4 | GNU R package “Analysis of Ecological Data : Exploratory | ||||||||||||||||||||||||||||||
ape | GNU R package “Analyses of Phylogenetics and Evolution” | ||||||||||||||||||||||||||||||
bitops | GNU R package implementing bitwise operations | ||||||||||||||||||||||||||||||
catools | GNU R package “Tools: moving window statistics, GIF, | ||||||||||||||||||||||||||||||
cargo | |||||||||||||||||||||||||||||||
cluster | GNU R package for cluster analysis by Rousseeuw et al | ||||||||||||||||||||||||||||||
cowplot | |||||||||||||||||||||||||||||||
curl | |||||||||||||||||||||||||||||||
data.table | GNU R package “Extension of data.frame” | ||||||||||||||||||||||||||||||
dbi | GNU R package “R Database Interface” | ||||||||||||||||||||||||||||||
dichromat | Color schemes for dichromats | ||||||||||||||||||||||||||||||
digest | GNU R package “Create Cryptographic Hash Digests of R | ||||||||||||||||||||||||||||||
evaluate | GNU R package “Parsing and Evaluation Tools that Provide | ||||||||||||||||||||||||||||||
foreach | |||||||||||||||||||||||||||||||
futile.logger | GNU R package “A Logging Utility for R” | ||||||||||||||||||||||||||||||
futile.options | GNU R package “Futile options management” | ||||||||||||||||||||||||||||||
gdata | GNU R package “Various R Programming Tools for Data | ||||||||||||||||||||||||||||||
getopt | GNU R package “C-like getopt behavior.” | ||||||||||||||||||||||||||||||
gganimate | |||||||||||||||||||||||||||||||
GGally | |||||||||||||||||||||||||||||||
ggplot2 | GNU R package “An Implementation of the Grammar of | ||||||||||||||||||||||||||||||
ggpubr | |||||||||||||||||||||||||||||||
ggrepel | |||||||||||||||||||||||||||||||
gifski | |||||||||||||||||||||||||||||||
gplots | GNU R package “Various R Programming Tools for Plotting | ||||||||||||||||||||||||||||||
gridSVG | |||||||||||||||||||||||||||||||
gtable | GNU R package “Arrange grobs in tables.” | ||||||||||||||||||||||||||||||
gtools | GNU R package “Various R Programming Tools” | ||||||||||||||||||||||||||||||
igraph | |||||||||||||||||||||||||||||||
jpeg | |||||||||||||||||||||||||||||||
labeling | GNU R package “Axis Labeling” | ||||||||||||||||||||||||||||||
lambda.r | GNU R package “Modeling Data with Functional Programming” | ||||||||||||||||||||||||||||||
lattice | GNU R package “Lattice Graphics” | ||||||||||||||||||||||||||||||
leaps | GNU R package “regression subset selection” | ||||||||||||||||||||||||||||||
lme4 | GNU R package for linear mixed effects model fitting | ||||||||||||||||||||||||||||||
lubridate | |||||||||||||||||||||||||||||||
matrix | GNU R package of classes for dense and sparse matrices | ||||||||||||||||||||||||||||||
matrixstats | R package “Methods that apply to rows and columns of a matrix” | ||||||||||||||||||||||||||||||
mirbase.db | |||||||||||||||||||||||||||||||
mixdist | |||||||||||||||||||||||||||||||
multcomp | |||||||||||||||||||||||||||||||
munsell | GNU R package “Munsell colour system” | ||||||||||||||||||||||||||||||
mvtnorm | |||||||||||||||||||||||||||||||
network | |||||||||||||||||||||||||||||||
nlme | GNU R package for (non-)linear mixed effects models | ||||||||||||||||||||||||||||||
optparse | GNU R package “Command line option parser.” | ||||||||||||||||||||||||||||||
permute | GNU R package “Functions for Generating Restricted | ||||||||||||||||||||||||||||||
pheatmap | |||||||||||||||||||||||||||||||
plotly | |||||||||||||||||||||||||||||||
plotROC | |||||||||||||||||||||||||||||||
plotrix | GNU R package “Various plotting functions” | ||||||||||||||||||||||||||||||
plyr | GNU R package “Tools for Splitting, Applying and Combining | ||||||||||||||||||||||||||||||
proto | GNU R package “Prototype object-based programming” | ||||||||||||||||||||||||||||||
quantmod | |||||||||||||||||||||||||||||||
r.methodss3 | GNU R package “Utility function for defining S3 methods” | ||||||||||||||||||||||||||||||
rcolorbrewer | GNU R package providing suitable color palettes | ||||||||||||||||||||||||||||||
rcpp | GNU R package “Seamless R and C++ Integration” | ||||||||||||||||||||||||||||||
rcurl | GNU R package “General Network (HTTP/FTP/…) Client | ||||||||||||||||||||||||||||||
relimp | GNU R package “Relative Contribution of Effects in a | ||||||||||||||||||||||||||||||
reshape2 | GNU R package “Flexibly Reshape Data: A Reboot of the | ||||||||||||||||||||||||||||||
rggobi | GNU R package for the GGobi data visualization system | ||||||||||||||||||||||||||||||
rgl | GNU R package for three-dimensional visualisation using OpenGL | ||||||||||||||||||||||||||||||
rgtk2 | GNU R binding for Gtk2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
rmpi | GNU R package interfacing MPI libraries for distributed computing | ||||||||||||||||||||||||||||||
RMySQL | |||||||||||||||||||||||||||||||
rserve | GNU R Rserve tcp/ip server and sample clients | ||||||||||||||||||||||||||||||
rsqlite | GNU R package “SQLite Interface for R” | ||||||||||||||||||||||||||||||
scales | GNU R package “Scale Functions for Visualization” | ||||||||||||||||||||||||||||||
scatterplot3d | GNU R package “3D Scatter Plot” | ||||||||||||||||||||||||||||||
sna | |||||||||||||||||||||||||||||||
sp | GNU R package “Classes and Methods for Spatial Data” | ||||||||||||||||||||||||||||||
sqldf | |||||||||||||||||||||||||||||||
stringr | GNU R package “Simple, Consistent Wrappers for Common | ||||||||||||||||||||||||||||||
tcltk2 | GNU R package “Tcl/Tk Additions” | ||||||||||||||||||||||||||||||
testthat | GNU R package “Testthat code. Tools to make testing fun | ||||||||||||||||||||||||||||||
tidyr | |||||||||||||||||||||||||||||||
vegan | GNU R package “Community Ecology Package” | ||||||||||||||||||||||||||||||
VGAM | |||||||||||||||||||||||||||||||
vioplot | |||||||||||||||||||||||||||||||
xml | GNU R package “Tools for Parsing and Generating XML Within | ||||||||||||||||||||||||||||||
xtable | GNU R coerce data to LaTeX and HTML tables |
Additional R BioConductor Tools
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